１．リトルシニア

※1972年発足 557チーム
中学生を対象とした歴史ある硬式野球チームの組織で、特に東日本に多い団体。
公式戦はトーナメント制の7イニング、投手の球数制限は1日90球まで。

２．ボーイズリーグ

※1970年発足 632チーム(中学生の部)
小中学生の部があり歴史ある硬式野球チームの組織で、特に西日本に多い団体。
公式戦はトーナメント制の7イニング、投手の球数制限は1日80球まで。

３．ヤングリーグ

※1993年発足 180チーム(中学生の部)
小中学生の部があり比較的新しい硬式野球チームの組織で、特に西日本に多い団体。
兵庫県が発祥でルール等はボーイズリーグとほぼ同じ。

４．ポニーリーグ

※1975年発足 96チーム
主に中学生が対象でアメリカの少年野球の考え方を忠実に守っている組織。
機会均等を掲げ、登録部員全員を試合に出場させたり、リエントリー制度もある。

５．フレッシュリーグ

※1986年発足 35チーム
主に九州地区限定で活動する比較的新しい中学硬式野球チームの組織。
ルール等はボーイズリーグとほぼ同じ。

歴史や実績、規模感で選ぶならリトルシニアとボーイズリーグの2団体がおすすめです。チーム数も多く、選択肢も広くあります。
関西など地域によってはヤングリーグもおすすめです。但し、加盟チーム数が少ない地域では公式戦などで遠征が多くなる傾向があります。
ポニーは他団体と違い、試合に全員出場させるなど「競争や勝利よりも、野球を通じて楽しむ、学ぶ」事を優先にしていると感じます。
九州在住の方なら地域密着型のフレッシュリーグの選択肢も良いかと思います。